Fugle
Den ornitologiske hovedsamling omfatter godt og vel 6.000 eksemplarer af skindlagte fugle hvoraf 90 % er fra Danmark og de nordatlantiske områder. Derudover indeholder samlingen ca. 1000 udstoppede fugle fra hele verden, overvejende fra tidligere udstillinger.
Ægsamlingerne omfatter 35.000 æg fordelt på 10.000 kuld, overvejende af nordiske fugle, men også en del fra resten af Europa og Mellemøsten. Denne samling blev forøget ganske væsentligt, da museet i 2012 modtog en meget stor privat ægsamling efter Sigurd Bruhn.
